Στο Πωλητήριο του Μουσείου του Μεγάρου Γκύζη διατίθενται οι εκδόσεις του Πνευματικού Κέντρου "Μέγαρο Γκύζη", πολλά βιβλία και λευκώματα που έχουν σχέση με τη Σαντορίνη αλλά και γενικότερα με τις Κυκλάδες, αυθεντικές λιθογραφίες με θέμα τη Σαντορίνη γνωστών Ελλήνων καλλιτεχνών, καθώς και αντίγραφα από εκθέματα των μονίμων συλλογών του Μουσείου, όπως είναι τα αντίγραφα παλαιών αυθεντικών χαρακτικών από τον 15ο έως τον 19ο αιώνα, που απεικονίζουν χάρτες, τοπία και φορεσιές της Σαντορίνης.

Περίοπτη θέση στο Πωλητήριο καταλαμβάνει η νέα έκδοση του Μεγάρου Γκύζη, ένα δίγλωσσο λεύκωμα με τίτλο "Σαντορίνη - Χαρακτικά και Σχέδια Ελλήνων Καλλιτεχνών".

Επίσης, διατίθεται αποκλειστικά από το Πωλητήριο του Μουσείου μία έγχρωμη λιθογραφία του γνωστού Έλληνα ζωγράφου και χαράκτη Μίλτου Παντελιά, σε 99 μόνο αυθεντικά αντίτυπα, αριθμημένη και υπογεγραμμένη από τον καλλιτέχνη, που τη φιλοτέχνησε το 2007 ειδικά για το "Μέγαρο Γκύζη".

Ο σκοπός του Πωλητήριου είναι η όσο το δυνατόν ευρύτερη διανομή των αντιγράφων για τη "διάδοση" των εκθεμάτων του Μουσείου και της Σαντορίνης, όπως επίσης και η οικονομική στήριξη του Μουσείου και των δραστηριοτήτων του.